In 1954 werd een nieuwbouwlocatie aan de Gildestraat in het centrum van Ede in gebruik genomen. De school kreeg toen ook haar huidige naam, genoemd naar de 16e-eeuwse geleerde Filips van Marnix van Sint-Aldegonde. De school groeide snel. Al vrij snel werd een tweede vleugel aan de school gebouwd. In 1997 verhuisden alle onderwijslocaties naar de Prins Bernhardlaan, de locatie van de Padbergmavo. Het wandplastiek is ontworpen door de Amsterdamse kunstenaar Joop Sjollema. Het werd in 1964 aangebracht.

In augustus 1952 wordt aan de Kernhemseweg begonnen met de bouw van het laboratorium voor zuivelonderzoek en ongeveer een jaar later met het werk aan de proeffabriek. Het opvallende gebouw, goed zichtbaar vanaf de N224, is een ontwerp van architectenbureau Hamerpagt BNA uit Arnhem. In mei 1955 werd met de melkverwerking begonnen, waarmee het instituut geheel voltooid was. Het NIZO is nog steeds actief.